Die Zahl der Eier, die ein Männchen tragen kann, variiert von einigen Dutzend beim Kurzschnäuzigen Seepferdchen (Hippocampus hippocampus) zu bis zu 650 beim Hippocampus erectus, das über eine sehr große Bruttasche verfügt. Die Eier haben einen Durchmesser von rund 3 mm. Die Embryonen schlüpfen in der Bruttasche und bleiben dort, bis ihre Entwicklung abgeschlossen ist.
Am Ende der Trächtigkeit (die einige Tage bis hin zu 2 Monaten dauern kann) werden die jungen Seepferdchen ausgestoßen. Das Männchen stützt sich auf dem Boden ab und stößt mit aufeinanderfolgenden Kontraktionen seinen Nachwuchs gruppenweise aus. Sobald alle Seepferdchen geboren wurden, wird die Bruttasche resorbiert. Dies ist eine große Anstrengung für das Männchen, das sich nun eine Weile erholen muss, ehe es zu seiner alten Form zurückfindet.
Der gerade einmal 5 mm große Nachwuchs macht sich sodann auf die Suche nach einer Möglichkeit, sich irgendwo festzuhalten – oftmals sind es die eigenen Geschwister – von denen er sich jedoch letztendlich doch auch lösen muss. Die jungen Seepferdchen schnappen sich nun jegliche Nahrung in ihrer Reichweite, sofern diese in ihr winziges Maul passt.
Die Balz eines Seepferdchen-Paares gleicht einem langsamen, anmutigen Tanz. Am Ende des Vorspiels sind Männchen und Weibchen eng aneinandergeschmiegt, Wange an Wange, die Schwänze ineinander verschlungen. Das Weibchen drückt seinen Bauch gegen den des Männchens und nach mehreren Schauern, die die Körper beider Seepferdchen ergreifen, öffnet das Männchen seine Bruttasche, in die das Weibchen seine Eier ablegt. Diese werden dabei sofort befruchtet.
Sobald die Eier abgelegt wurden, verschließt sich die Bruttasche und das Weibchen erholt sich. Nun beginnt die eigentliche Inkubations- und Schutzzeit, für die das Männchen verantwortlich ist. Die Wände seiner Bruttasche werden dicker und besser durchblutet. Diese Plazenta versorgt die Embryonen mit Sauerstoff und sondert ein nahrhaftes Sekret ab, das die Entwicklung des Nachwuchses fördert.
Die Jungtiere wachsen, geschützt vor Fressfeinden, im Bauch der Mutter heran. Während dieser intrauterinen Entwicklung ernähren sich die Embryonen von Eidotter und einer Flüssigkeit aus Schleim, Fett und Proteinen. Dabei handelt es sich um so genannte Uterusmilch, die vom Muttertier abgesondert wird. Die Trächtigkeit dauert zwischen vier und zwölf Monaten. Ein Wurf kann bis zu sieben Jungtiere hervorbringen, die weniger als 15 cm breit sind. Man weiß, dass Männchen ihre sexuelle Reife dann erreichen, wenn die Breite ihres Körpers rund 20 cm beträgt.
Diese Rochenart ist ovovivipar – lebendgebärend: Die Weibchen legen keine Eier, sondern gebären voll ausgebildete Jungtiere. Während der Inkubationszeit gibt es keine direkte Verbindung zwischen Mutter und Nachwuchs durch eine Plazenta. Der Fötus ernährt sich vom Eigelb und entwickelt sich im Körper der Mutter.
Die Fortpflanzungsperiode dauert ungefähr vier Monate, von Mai bis August. Das Männchen beißt in einen der Flügel des Weibchens und hält sich dort fest, bis die Begattung stattgefunden hat. Mit einem seiner zwei Klaspern dringt er in das Weibchen ein und gibt sein Sperma ab. Man spricht von einer inneren Befruchtung.
